用R和RStudio进行研究和数据分析， 每个研究问题应该单独建立一个文件夹（目录）。 该问题的所有数据、程序都放在对应的文件夹中。 在RStudio中， 用“File – New Project – Existing Directory”选中该问题的目录， 建立一个新的“项目”（project）。

再次进入RStudio后， 用菜单“File – Recent Projects”找到已有的项目打开， 然后就可以针对该项目进行分析了。 这样分项目进行研究的好处是， 不同项目的可以使用同名的文件而不会有冲突， 程序中用到某个文件时， 只需要写文件名而不需要写文件所在的目录。

一个项目还可以有项目本身的一些特殊设置， 用“Tools – Project Options”菜单打开设置。